Mit composite vom ImageMagick kann einem PDF nachträglich ein Wasserzeichen hinzugefügt werden. Folgender Befehl speichert input.pdf in output.pdf und überzeichnet es mit kopie.png. Die PNG-Datei wird zu 40% transparent dargestellt.
composite.exe -gravity center -page A4 -dissolve 60 -resize 595x842 kopie.png input.pdf output.pdf